首當(dāng)其沖的罪魁是傳染病，以鼠疫(黑死病)為例，1911～1929年間，全國(guó)各地的鼠疫流行幾乎沒(méi)有間斷過(guò)，死亡率極高，流行高峰期屢屢出現(xiàn)全家死絕、全村死光的慘況。中醫(yī)面對(duì)鼠疫這種烈性傳染病毫無(wú)辦法，既沒(méi)有理論上的病因解釋也沒(méi)有能夠產(chǎn)生療效的藥物，甚至連預(yù)防的基本知識(shí)都不清楚。

　　天花也是一種烈性傳染病，爆發(fā)次數(shù)多、傳播范圍廣。天花歷來(lái)是令中國(guó)人無(wú)法擺脫的夢(mèng)魘，從百姓到帝王均難以幸免。雖然中國(guó)人發(fā)現(xiàn)了人痘預(yù)防天花的方法，但并沒(méi)有抑制住天花。因?yàn)槿硕环ǔ３Ｒ饛?qiáng)烈的人為發(fā)病和死亡，與感染天花的結(jié)果幾乎相同，在預(yù)防意義上弊大于利，沒(méi)有多少人愿意冒生命危險(xiǎn)去預(yù)防未必能感染的疾病。人痘預(yù)防是人們?cè)趯?shí)踐中觀察得到的經(jīng)驗(yàn)，更接近現(xiàn)代免疫學(xué)的思路，與中醫(yī)理論毫無(wú)關(guān)系，中醫(yī)歷來(lái)認(rèn)為天花病因在于胎毒。民間曾流傳“生兒只算生一半，出了天花才算全”的諺語(yǔ)，可見(jiàn)天花危害之猛烈和中醫(yī)之無(wú)能。

　　霍亂在中國(guó)直到50年代仍是危害性極大的傳染病，霍亂是由病菌引起、由不潔飲食傳染的急性腸道傳染病?；颊邉×腋篂a、脫水甚至死亡，其發(fā)病快、傳播廣、致死率很高?；魜y在歷史上多次爆發(fā)大流行，往往造成上千萬(wàn)人的死亡。此外還有結(jié)核、麻風(fēng)等慢性傳染病，雖然沒(méi)有急性傳染病那樣發(fā)展迅速，但患者人數(shù)眾多，流行范圍很廣。結(jié)核病以慢性消耗的方式使人體質(zhì)虛弱，多種器官受損，死亡率相當(dāng)高。30 年代，全國(guó)4 億人口中有結(jié)核病患者2700 萬(wàn)，每年有上百萬(wàn)人死于結(jié)核病。寄生蟲病也是廣泛流傳的疾病，中醫(yī)向來(lái)也沒(méi)有真正認(rèn)識(shí)清楚。以在中國(guó)廣為流行的血吸蟲病為例，中醫(yī)僅僅注意到和水有關(guān)，誤以為是水中有毒，稱為水毒病或溪病。

　　中醫(yī)早認(rèn)為疾病的原因是上天示罰、鬼神作祟，在治療上采用了祈禱、祭祀和詛咒等方法。直至20世紀(jì)前期，中國(guó)民間還普遍認(rèn)為疾病是因?yàn)橛|怒了上天和神靈，導(dǎo)致瘟神降臨的結(jié)果，放鞭炮祛除邪氣、醋熏法驅(qū)避瘟神、舉辦迎神賽會(huì)祈求神靈庇護(hù)等諸多風(fēng)俗流行甚廣。當(dāng)然這些方法從來(lái)就沒(méi)有取得效果。

　　此后中醫(yī)又提出了“六氣致病說(shuō)”，即陰、陽(yáng)、風(fēng)、雨、晦、明，把病因歸結(jié)為六種氣候的變化。再其后又有“惡毒之氣”、“毒病之氣”、“癘氣”、“乖戾之氣”、“雜氣”等諸多離不開“氣”的解釋。中醫(yī)始終沒(méi)有認(rèn)識(shí)到微生物，不知道病原體、傳染源和傳染途徑。陪伴了中國(guó)人2000年的中醫(yī)，在治療和預(yù)防傳染病及寄生蟲病方面完全處于束手無(wú)策的狀態(tài)。