核酸檢測取樣通常不痛苦，但少數人群可能可伴隨惡心、干嘔等癥狀。

核酸檢測的主要檢查方法包括鼻拭子、咽拭子等，其中鼻拭子是使用棉簽沾取鼻腔分泌物進行檢測；咽拭子是通過采集扁桃體、咽部黏膜的分泌物進行檢測。由于檢測方法比較簡單，且時間短，一般不會損傷周圍黏膜，多數人群通常無明顯不適感，因此核酸檢測取樣通常不痛苦。但是，咽喉部位存在喉返神經，由于檢測過用力或身體較敏感等原因，可能可伴隨惡心、干嘔等癥狀。