瘺道一旦形成，就應及時手術。手術的方法是清除瘺管，徹底消除瘺道內(nèi)口以達到根治。如不能手術則應控制感染，防止發(fā)展，但一般很難根治。
1、 非手術療法：(主要用于沒有條件手術的肛瘺的患者)
1)針對致病菌口服或靜滴抗生素。
2)外治法：通過局部熏洗、換藥，促使腫痛消退，炎癥吸收。能改善癥狀但不能根治。
2、 手術療法：(是根治肛瘺最有效的方法)
1)肛瘺切開法。(主要用于低位單純性肛瘺)
2)肛瘺切開掛線法。(主要用于高位單純性肛瘺)
3)肛瘺切開掛線對口引流法。(主要用復雜性肛瘺)