目前恐懼癥的病因尚不明確。研究表明，可能與遺傳因素、素質(zhì)因素、生理因素以及心理社會因素等有關(guān)系。
1、遺傳因素
恐懼癥具有家族遺傳傾向，尤其影響到女性親屬。有研究表明，同卵雙生子比異卵雙生子的恐懼同患率更高。某些特定的恐懼癥具有明顯的遺傳傾向，如血液和注射恐懼。
2、素質(zhì)因素
有學(xué)者認為患者患病前性格多為膽小、羞怯、被動、依賴及高度內(nèi)向，容易焦慮、恐懼，并有強迫傾向等。如果自小就受到母親過多的保護，成人之后，也容易發(fā)生恐懼癥。
3、生理因素
有人發(fā)現(xiàn)恐懼癥患者的神經(jīng)系統(tǒng)的驚醒水平較高，這種人很敏感、警覺，處于過度覺醒狀態(tài)。其體內(nèi)交感神經(jīng)興奮占優(yōu)勢，腎上腺素、甲狀腺素的分泌增加。但這種生理狀態(tài)與恐懼癥的因果關(guān)系尚難分清。
4、心理社會因素
患者在首次發(fā)病前可能會有某種精神刺激因素，資料表明有近三分之二的患者都主動地追溯到與其發(fā)病有關(guān)的某一事件。19世紀初，美國心理學(xué)家用條件反射理論來解釋恐懼癥的發(fā)生機制，認為恐懼癥狀的擴展和持續(xù)是由于癥狀的反復(fù)出現(xiàn)使焦慮情緒條件化，而回避行為則阻礙了條件化的消退。即當(dāng)患者遭遇某一恐懼性刺激時，當(dāng)時情景中另一些并非恐懼的刺激(無關(guān)刺激)也可能同時作用于患者大腦皮層，兩者作為一種混合刺激形成條件反射，所以今后重遇這種情景，即便是只有無關(guān)刺激，也能引起強烈的恐懼情緒。然而部分患者并無曾受恐嚇的經(jīng)歷，有些患者恐懼的對象經(jīng)常變換，這些都是條件反射學(xué)說難以解釋的。