多系統(tǒng)萎縮的病因不明確，在神經(jīng)膠質(zhì)細(xì)胞，特別是少突膠質(zhì)細(xì)胞等胞漿內(nèi)發(fā)現(xiàn)包涵體，免疫組化研究發(fā)現(xiàn)這些包涵體內(nèi)含有免疫活性的細(xì)胞周期依賴性激酶、有絲分裂原活化蛋白激活酶等。在腦干、脊髓、小腦、下橄欖核等處都發(fā)現(xiàn)α-突觸核蛋白表達(dá)，提示在本病發(fā)病中起重要作用。

　　發(fā)病機(jī)制：

　　1、少突膠質(zhì)細(xì)胞胞質(zhì)內(nèi)包涵體

　　少突膠質(zhì)細(xì)胞胞質(zhì)內(nèi)包涵體是MSA的組織學(xué)特點(diǎn)，少突膠質(zhì)細(xì)胞在發(fā)病機(jī)制中起重要作用，過去多認(rèn)為在MSA病理改變中，神經(jīng)元變性，脫失是原發(fā)性的，是病理改變的基礎(chǔ)，而脫髓鞘是繼發(fā)性的，自發(fā)現(xiàn)少突膠質(zhì)細(xì)胞胞質(zhì)內(nèi)包涵體以來，有些作者對(duì)MSA的發(fā)病機(jī)制提出了新的觀點(diǎn)，認(rèn)為少突膠質(zhì)細(xì)胞在發(fā)病過程中起著與神經(jīng)元變性同樣重要的作用，理由是銀染和免疫組化顯示少突膠質(zhì)細(xì)胞的細(xì)胞內(nèi)異常改變比神經(jīng)元本身的改變更明顯，更具特征，Nakazato Yoichi等觀察到的少突膠質(zhì)細(xì)胞胞質(zhì)內(nèi)包涵體的分布部位和密度與疾病變性的嚴(yán)重程度一致，但也有作者認(rèn)為少突膠質(zhì)細(xì)胞胞質(zhì)內(nèi)包涵體數(shù)量的多少與MSA病變的嚴(yán)重程度無明顯相關(guān)性，Papp等觀察到少突膠質(zhì)細(xì)胞密度較高的部位是在初級(jí)運(yùn)動(dòng)皮質(zhì)，錐體和錐體外系統(tǒng)，皮質(zhì)小腦投射纖維，腦干的自主神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)中樞，少突膠質(zhì)細(xì)胞的主要功能就是維護(hù)有髓纖維髓鞘的完整性，當(dāng)少突膠質(zhì)細(xì)胞內(nèi)結(jié)構(gòu)異常時(shí)，其功能必然受到影響，這可能是導(dǎo)致髓鞘脫失的重要原因。

　　2、神經(jīng)元凋亡

　　有人認(rèn)為其發(fā)病機(jī)制與神經(jīng)元凋亡有關(guān)，神經(jīng)系統(tǒng)存在兩種類型的神經(jīng)元死亡：壞死和凋亡(apoptosis)，發(fā)生凋亡時(shí)細(xì)胞膜保持著完整性，僅表現(xiàn)為細(xì)胞體積變小，細(xì)胞器結(jié)構(gòu)和形態(tài)均存在，溶酶體成分保存，核染色質(zhì)濃縮，內(nèi)源性DNA內(nèi)切酶激活，使DNA降解產(chǎn)生DNA片段和凋亡小體。

　　3、酶代謝異常

　　參見橄欖腦橋小腦萎縮。

　　4、病理改變

　　大體標(biāo)本可見小腦，腦干和脊髓萎縮，變細(xì);鏡下上述特定部位的神經(jīng)細(xì)胞變性脫失，膠質(zhì)細(xì)胞增生和有髓纖維脫髓鞘，病理改變的主要部位在腦橋橋橫纖維，腦橋基底部核，延髓下橄欖核，迷走神經(jīng)背核，藍(lán)斑，小腦中，下腳，小腦齒狀核及半球，中腦黑質(zhì)和基底核的蒼白球，尾狀核，殼核，脊髓中間外側(cè)柱細(xì)胞，前角細(xì)胞等部位的神經(jīng)元喪失和膠質(zhì)增生;皮質(zhì)脊髓束變性，鞘脫失，周圍神經(jīng)主要為脫髓鞘病變。