基底核具有復雜的纖維聯(lián)系，主要構成叁個重要的神經環(huán)路
?、倨べ|-皮質環(huán)路：大腦皮質-尾殼核-內側蒼白球-丘腦-大腦皮質;
?、诤谫|-紋狀體環(huán)路：黑質與尾狀核、殼核間往返聯(lián)系纖維;
?、奂y狀體-蒼白球環(huán)路：尾狀核、殼核-外側蒼白球-丘腦底核-內側蒼白球。
在皮質-皮質環(huán)路中有直接通路(紋狀體-內側蒼白球/黑質網狀部)和間接通路(紋狀體-外側蒼白球-丘腦底核-內側蒼白球/黑質網狀部)，環(huán)路是基底核實現運動調節(jié)功能的解剖學基礎，這兩條通路的活動平衡對實現正常運動功能至關重要。
黑質-紋狀體DA 通路變性導致基底核輸出過多，丘腦-皮質反饋活動受到過度抑制，使皮質運動功能易化作用受到削弱，產生少動性疾病如帕金森病。紋狀體神經元變性導致基底核輸出減少，丘腦-皮質反饋對皮質運動功能易化作用過強，產生多動性疾病如亨廷頓病。因此，基底核遞質生化異常和環(huán)路活動紊亂是產生各種運動障礙癥狀的主要病理基礎。運動障礙性疾病治療，無論藥物或外科治療原理都基于對遞質異常和環(huán)路活動紊亂的糾正。