子宮內膜不典型增生的病因還沒有完全明確，考慮是長時間雌激素刺激，而體內缺乏孕激素拮抗，使得子宮內膜過度增殖，難以轉化為分泌期造成的。

研究表明，子宮內膜不典型增生有一定的遺傳傾向。母親患子宮內膜不典型增生，其女兒患病幾率較普通人群高。另外，肥胖、長時間服用他莫昔芬、接受雌激素治療、糖尿病、多囊卵巢綜合征等因素，會導致此病。

子宮內膜不典型增生屬于子宮內膜癌前病變，患者需要使用醋酸甲地孕酮、醋酸甲羥孕酮、曲普瑞林等藥物或者通過手術來治療。